屋根がない悲劇
青空駐車の場合、台風時の飛来物（看板、トタン、植木鉢など）は防ぎようがありません。
しかし、被害を最小限にするための悪あがきはできます。
一時避難
一番確実なのは、台風の間だけ立体駐車場（ショッピングモールやコインパーキング）に車を避難させることです。
数千円の駐車料金で、数十万円の修理費を防げると考えれば安いものです。
自宅でできる対策
移動できない場合は、厚手の毛布や布団を車にかけて紐で縛り、その上からボディカバーをかける方法があります（ただし、カバー自体が飛んでいかないよう厳重な固定が必要です）。
また、建物の風下になる位置に車を寄せて停めるのも有効です。
まとめ
「たぶん大丈夫だろう」が一番危険です。台風が来る前に動けるかどうかが勝負です。