臭いの元を断つ
フィルターを換えても臭いが取れない場合、元凶は熱交換器（エバポレーター）のカビです。
エアコン内部は結露で常に濡れているため、夏場はカビの楽園になります。
洗浄方法
カー用品店で売っている「エバポレーター洗浄剤（2,000円〜3,000円）」を使い、ファンブロアの隙間やドレンホースから薬剤を注入して洗浄します。
家庭用エアコン洗浄スプレーを使うのは絶対にやめてください。配線をショートさせて車両火災になるリスクがあります。
プロに頼む
DIYに自信がない場合や、臭いが強烈な場合は、ディーラーや専門業者に依頼しましょう（5,000円〜1万円程度）。
効果は劇的で、新車の空気が戻ってきます。
まとめ
到着5分前にA/Cを切って送風のみにし、内部を乾燥させてからエンジンを切るのが、カビ予防の秘訣です。